Depreciado neste sentido, não significa que o SNMP não esteja mais disponível no Server 2012. Ele ainda está lá, pode ser instalado como um recurso.
"Depreciado" nesse sentido é simplesmente uma bandeira amarela para dizer "ei, queremos nos livrar disso algum tempo no futuro indeterminado".
Eu duvido que a decisão tenha sido tomada ainda sobre quando exatamente eles não irão mais oferecê-lo como um recurso instalável do Windows Server. E se a decisão foi tomada internamente, eles não tornaram isso público.
Tem sido bem evidente por um tempo (na minha opinião) que a Microsoft está querendo abandonar seu mecanismo SNMP. Eu sempre imaginei que é por isso que eles nunca usaram seu próprio mecanismo SNMPv3.
Edit: Mesmo quando o MS finalmente soltar sua implementação SNMP, ainda haverá terceiros em torno de.
O fato é que há e há muito tempo, muito melhores maneiras do que o SNMP para monitorar servidores Windows.
Also, is anyone aware of other organizations deprecating SNMP in favor of something else?
A HP vem à mente, (embora eles não tenham "oficialmente" preterido como o MS, acho que eles serão no futuro) e qualquer outra pessoa que esteja interessada no CIM e no WBEM.