Opção 1: Você não definiu o limite mais alto também.
Possível solução:
em /etc/security/limits.conf add
* soft nofile 2048
teste com
ulimit -n 2048
Opção 2: Você está logado como usuário e em algum arquivo "config" (profile, bashrc, algo como isto) o limite suave é definido para um valor menor.
Possível solução f.e. grep para ulimit na sua pasta etc e / ou pasta pessoal.
Aviso: Dependendo da quantidade de arquivos / diretórios que você tem, você pode considerar apenas diretórios / arquivos específicos
ps: há muitas perguntas semelhantes aqui que você pode querer ler.
Especialmente Limite Difícil x Soft
Leia aqui para outra solução possível que entre em detalhes Muitos arquivos abertos