Sim, o extenso conjunto de comandos do SCSI é um grande bônus de usá-lo sobre o SATA. do Wiki do SAS:
SATA uses a command set that is based on the parallel ATA command set and then extended beyond that set to include features like native command queuing, hot-plugging, and TRIM. SAS uses the SCSI command set, which includes a wider range of features like error recovery, reservations and block reclamation. Basic ATA has commands only for direct-access storage. However SCSI commands may be tunneled through ATAPI[2] for devices such as CD/DVD drives.
Os comandos de recuperação de erros e os comandos de recuperação de blocos são fundamentais na integridade dos dados, S.M.A.R.T. é realmente para equipamentos de consumo.
Além disso, o SAS usa uma tensão de sinalização mais alta, o que permite cabos mais longos em comparação com o da SATA. Isso é importante ao tentar instalar um armazenamento adicional em uma SAN existente.
Você considerou o NCQ, mas o SCSI usa o TCQ, que pode ser usado em três modos diferentes, mas o maior bônus em relação às configurações paralelizadas é a capacidade de enviar até 2 ^ 64 comandos antes de preencher a fila. Protocolos como iSCSI e Fibre Channel limitam isso agora, mas a capacidade existe para uso futuro.
Eu só posso responder essa parte, porque eu não sei se ir com o SAS para um novo disco vai lhe dar o mesmo benefício de uma configuração puramente SAS.