O rsync torna a ferramenta bastante simples, geralmente usada para copiar estruturas inteiras de diretórios:
rsync -av /home/source/svn/repo /home/dest/svn/
Isto irá criar o diretório repo e todo o seu conteúdo no diretório / home / dest / svn, assim você terá / home / dest / svn / repo /...
Então, para o seu exemplo:
rsync -rv ./ /tmp/xen/
-a, preservaria os timestamps e seria recursivo entre outras coisas, 'man rsync'.
Atualizar depois de perceber que li a pergunta errada:
Para imitar a estrutura de diretórios (alternativa de tar):
rsync -av --include='*/' --exclude='*' source destination
E, em seguida, para copiar os arquivos antes, digamos, 20 minutos atrás:
find . -type f -mmin -20 -print0 | xargs -0 cp --target-directory /mydestdir/