O IIS suporta a implementação do xcopy, portanto, apenas copiar os arquivos deve ser tudo de que você precisa, a menos que você tenha requisitos especiais.
Uma maneira de fazer isso é um script simples que usa ROBOCOPY para copiar os novos arquivos para o servidor.
Se o site for grande e isso levar muito tempo, use um sistema de controle de versão. Eu gosto do Mercurial para este propósito, embora você tenha que tomar cuidado para que os arquivos de configuração do sistema de controle de versão não acabem sendo servido ao público. A implantação é simplesmente uma questão de confirmar as alterações e, em seguida, verificar a versão mais recente no servidor. Além de ser eficiente, isso permite rollbacks rápidos (se você marcou a última versão válida) no caso de seu mais recente e melhor erro de showstopper.
Para minimizar o tempo de inatividade, você pode fazer com que o script copie os arquivos para um novo diretório e, em seguida, renomeie rapidamente os diretórios ou altere para onde o IIS aponta para o novo diretório.