Em sistemas baseados em Debian, o DPKG (abaixo do apt) pode ter diversões configuração usando o comando dpkg-divert
dpkg-divert is the utility used to set up and update the list of diversions.
File diversions are a way of forcing dpkg(1) not to install a file into its location, but to a diverted location. ... System administrators can also use it to override some package's configuration file, or whenever some files (which aren't marked as 'conffiles') need to be preserved by dpkg, when installing a newer version of a package which contains those files.
Então, para o seu caso, você pode usar um comando como este para configurar um desvio. (Eu não testei, verifique a man page e verifique se isso está correto.)
dpkg-divert --local --divert /usr/bin/ffprobe.ffmpeg --rename /usr/bin/ffprobe