Na verdade, você NÃO precisa permitir a autenticação de raiz via SSH para executar o rsync , como sugere Antoine. A autenticação de transporte e do sistema pode ser feita inteiramente por meio de contas de usuário, contanto que você possa executar o rsync com o sudo em ambas as extremidades para ler e gravar os arquivos.
Como usuário em seu servidor de destino, você pode sugar os dados do seu servidor de origem assim:
sudo rsync -aPe ssh --rsync-path='sudo rsync' boron:/home/fred /home/
O usuário que você executa como em ambos os servidores precisará de acesso sem senha * sudo ao binário rsync, mas você NÃO precisa ativar o login ssh como root em qualquer lugar. Se o usuário que você está usando não corresponder do outro lado, você pode adicionar user @ boron: para especificar um usuário remoto diferente.
Boa sorte.
* ou você precisará digitar a senha manualmente dentro da janela de tempo limite.