A resposta rápida é usar dcpromo para adicionar o servidor 2008 como um controlador de domínio no mesmo domínio em que o servidor 2003 está. Uma vez que o servidor 2008 é um DC, você pode executar dcpromo no servidor 2003 para removê-lo como um controlador de domínio. Isso permitirá que você mantenha seu Active Directory intacto, mas mova os serviços para outro servidor.
Além disso, como regra geral, é altamente recomendável ter dois servidores como controladores de domínio (e servidores de catálogo global) para o seu domínio. Dessa forma, o seu Active Directory permanece ativo em caso de falha (ou reinicialização!)
Há muitos bons artigos da Microsoft e de blogueiros que descrevem esse processo. Aqui estão alguns links: