Inicialmente, você vai querer reforçar a memória RAM. A RAM de que você precisa depende da quantidade de dados que você está armazenando, do número de coleções, dos índices dessas coleções, dos padrões de acesso a dados, etc. Muitos fatores.
O mais importante é ter RAM suficiente para manter seus índices na RAM. Caso contrário, seu desempenho sofrerá drasticamente, pois o (s) seu (s) servidor (es) irá (ão) pausar constantemente, enquanto o Mongo move a memória mapeada para dentro e fora da RAM. Apesar de tudo isso, não temos visto a velocidade de gravação afetada, mas todo o resto é. Processamento escreve fora da fila, flushing, despejos, etc, todos levam um golpe dramático, uma vez que seus índices não se encaixam na RAM.
Portanto, não há resposta curta real. Basicamente, seja esperto sobre seus índices. Use apenas o que você precisa. Mantenha coleções pequenas, se puder (ou seja, dividir em várias, sempre que puder). Coleções interessantes também são interessantes de se ver.