Por padrão, a fonte Nginx não define SCRIPT_FILENAME no arquivo fastcgi_params, portanto, a menos que o repositório em que você instalou o Nginx faça isso você mesmo.
Verifique se a seguinte linha está no seu arquivo fastcgi_params:
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
e se não, adicione-o.