Powershell.
PS C:\>Clear-Eventlog -Log Application, System
O padrão é não para avisar, mas você pode fornecer a opção -Confirm se quiser ser avisado.
Editar:
Get-WinEvent -ListLog Application,Setup,Security -Force | % { Wevtutil.exe cl $_.Logname }
De acordo com os comentários, isso deve gerar logs operacionais e administrativos.