find . -maxdepth 1 -type f | head -1000 | xargs cp -t foo_dir onde foo_dir é o destino onde os arquivos serão copiados.
find . -maxdepth 1 -type f procurará arquivos apenas no diretório atual. A saída disso será canalizada para o comando head que retornará os primeiros 1000 resultados. O resultado disso será pipetado para xargs que usará o comando cp , um por linha de resultados, para copiar os arquivos para um diretório de destino de sua escolha.