Does anybody have any best practices for how to organise a folder structure?
Não.
Acredite, você não quer possuir a hierarquia de pastas para qualquer departamento (exceto talvez o seu). Você não sabe quais são suas necessidades, não tem o conhecimento ou a experiência de outros departamentos para fazer boas escolhas e não quer ser o zelador de arquivos da empresa.
E se você acha que eles fazem uma bagunça, isso não é nada comparado com a bagunça que você fará das coisas. Eu sei que você diz que foi encarregado de fazer isso, mas a melhor coisa que você pode fazer por si mesmo é se livrar dela rapidamente. Este é um exemplo de estar preparado para falhar - não importa como você o faça, alguém vai ter um problema com ele e reclamar sobre você ou por causa disso.
A melhor prática é literalmente "[chefe de departamento], aqui está sua divisão de departamento. Você é responsável pela estrutura e pela permissão abaixo desse nível. No entanto, configure-a de acordo com suas necessidades".