Pergunta bem pensada!
Eu iria com o Método 2, mas isso é mais uma preferência pessoal. Para mim, o método 2 Cons não é um grande problema. Eu não vejo o sistema operacional host crescendo sua partição 5-10GB, a menos que você comece a instalar coisas extras nele, o que você realmente não deveria. Por uma questão de simplicidade e segurança, o sistema operacional host deve ser uma instalação mínima, não executando nada, exceto o mínimo necessário para administração (por exemplo, sshd).
O Método 1 Contras também não é um problema, IMO. Eu não acho que haveria qualquer risco de segurança extra, pois se uma VM enraizada é de alguma forma capaz de sair de sua partição e infectar / danificar outras partições, ter o sistema operacional host em um VG separado pode não fazer nenhuma diferença. Os outros dois Contras não são algo com que eu possa falar diretamente, mas meu instinto diz que o CentOS, o LVM e o libvirt são flexíveis e robustos o suficiente para não se preocupar com eles.
EDIT - resposta à atualização 1
Hoje em dia, o desempenho da virtualização é muito baixo, especialmente usando processadores com suporte embutido para ele, então não acho que valeria a pena mudar um serviço de uma VM guest para o sistema operacional host. Você pode obter um aumento de velocidade de 10% ao executar o "bare metal", mas perderia os benefícios de ter um sistema operacional host pequeno, restrito e seguro, além de potencialmente afetar a estabilidade de todo o servidor . Não vale a pena, IMO.
Em vista disso, eu ainda preferiria o Método 2.
Resposta à atualização 2
Parece que a maneira particular pela qual o libvirt assume o armazenamento é mais um ponto a favor do Método 2. Minha recomendação é: vá com o Método 2.