Após um pouco mais de pesquisa, parece que o conceito de SHA-256 Tree Hash é algo específico para o Amazon Glacier, daí a dificuldade em encontrar qualquer ferramenta que o suporte.
No entanto, a documentação do Glacier fornece código de amostra para calcular o hash , em Java e C #. Ambos compilam em uma ferramenta de linha de comando que calcula o hash do arquivo fornecido como argumento.
Acabei de copiar e colar o código C # no Visual C # 2010 Express gratuito, compilá-lo e agora tenho a ferramenta de linha de comando que estava procurando!