O Autoruns e o Process Explorer da Sysinternals (agora de propriedade da MS) são seus melhores amigos. As infecções 1-2 que vejo uma semana em que um usuário abriu um anexo ou visitou uma página que um não deveria ter, e o antivírus (atualizado!) Não o bloqueou completamente, geralmente pode ser limpo em 30m-1h de esforço com apenas estes dois utilitários. Eles são bem diretos e, depois das primeiras limpezas, você terá um jeito de saber o que precisa ser eliminado / removido para se livrar do malware.
Dito isso, de vez em quando você encontrará um malware que não foi escrito por um idiota, por isso, se você não conseguir avançar após 30 minutos, é hora de fazer uma limpeza / recarga completa.
Tenha em mente que isso é mais apropriado para pequenas e médias empresas onde o hardware não é padronizado. Se você tiver uma imagem do sistema e o backup dos arquivos do usuário for feito, será mais rápido limpar / recarregar ao primeiro sinal de infecção.