O PPTP é um protocolo de encapsulamento exatamente como o L2TP - ele não fornece segurança.
O PPTP usa o MPPE para criptografia, o que pode ter algumas desvantagens em comparação com o IPSEC (que é comumente usado com o L2TP). O IPSEC também pode ser usado sozinho como um protocolo de tunelamento e isso é bastante comum.
Uma vantagem com o IPSEC em geral seria se ele fosse usado com certificados para autenticar no nível da máquina, além do nível do usuário. O L2TP impõe isso, mas o IPSEC sozinho pode ser usado apenas com uma chave pré-compartilhada, assim como a criptografia no PPTP pode - reduzir o nível de segurança para níveis semelhantes na minha opinião.
A maioria das vulnerabilidades antigas no PPTP são fixadas atualmente e você pode combiná-las com o EAP para aumentá-la e exigir certificados também. Eu diria que não há um vencedor claro, mas o PPTP é mais antigo, mais leve, funciona na maioria dos casos e os clientes são prontamente pré-instalados, oferecendo uma vantagem em normalmente ser muito fácil de implantar e configurar sem o EAP.
No entanto, obter algo mais seguro por meio da autenticação no nível da máquina pode dar ao IPSEC uma vantagem em ser projetado para isso (L2TP em particular) - e, portanto, possivelmente ser mais fácil de implantar com esse requisito do que fazer o PPTP funcionar com o EAP .
Se compararmos o PPTP com o L2TP diretamente - o L2TP ganha por um valor justo devido aos requisitos para autenticação decente em vários níveis, evitando vários cenários que o PPTP não impedirá (em teoria).