Se ninguém mais disser, eu irei. A Microsoft errou alguns anos atrás e publicou uma atualização para as CAs de raiz confiável que quebrou qualquer máquina que tivesse a sorte de atualizar antes que a Microsoft retirasse a atualização. Até hoje ainda lidei com esse problema.
Como eu entendo as implicações de segurança, não estou fornecendo links diretos para esses problemas. Em vez disso, é isso que alguém procura no Google para encontrar as informações relacionadas:
Atualização KB3004394 quebra o Certificado Raiz no Windows 7 / Windows Server 2008 R2
A Microsoft lança o patch 'Silver Bullet' KB 3024777 para eliminar o KB 3004394
E o que eu experimentei e até hoje causa inúmeros problemas:
Problemas de comunicação SSL / TLS após a instalação do KB 931125
This package installed more than 330 Third-party Root Certication
Authorities. Currently, the maximum size of the trusted certificate
authorities list that the Schannel security package supports is 16
kilobytes (KB). Having a large amount of Third-party Root Certication
Authorities will go over the 16k limit, and you will experience
TLS/SSL communication problems.
Outra razão é porque a Microsoft desconfiou de várias ACs raiz ao longo dos anos. Administradores preguiçosos simplesmente desabilitarão esse recurso para seus servidores de intranet e nunca resolverão o problema de raiz - assinar novamente tudo que não é mais confiável.
De qualquer forma, a resposta simples é usar um certificado de assinatura de código diferente.