As tags para SSI e ESI são tão semelhantes que eu não me preocuparia muito com isso. O verniz suporta apenas o uso mais básico do ESI, de qualquer forma.
Use o SSI e o nginx desde que você os tenha, e se você precisar do armazenamento em cache do Varnish, você é apenas um script de shell trivial que não muda seus SSIs para ESIs.