Sim
Neste caso específico, você está usando uma caixa de correio de formato 'Maildir'. No Maildir, é seguro usar 'rm' para remover uma parte individual do email, para usar 'mv' para mover uma mensagem individual entre pastas no mesmo sistema de arquivos, etc.
Com outros tipos de armazenamento de e-mail, talvez não seja seguro enviar um único e-mail.
Mais sobre o Maildir: