Resposta curta: A partir do início de 2014 não há como ter o comportamento descrito no mysql. Veja o relatório de erros relevante e uma página em dba.stackexchange onde 3 pessoas diferentes comment que ainda não foi corrigido na v5.5 . Também, tanto quanto eu posso dizer depois de um longo googling não há nenhuma solução vale a pena usar (veja abaixo porque - sig-ignorar não é bom). A resposta de Andy foi editada para mencionar que "Parece que foi adicionado em 5.0.25 (e 5.1.10)." mas ele provavelmente foi enganado por comentário com data [3 de maio de 2006 19:04] no relatório de bug acima mencionado.
O argumento --sigint-ignore (veja a resposta de Dan Carley) irá de fato impedir que o mysql o retorne ao shell quando você pressionar ctrl-C, mas também removerá a capacidade de parar consultas longas .
Esse é o tipo de bugs de usabilidade que faz você ir :-( Realmente óbvio e provavelmente extremamente fácil de consertar, mas ainda assim acontece depois de muitos anos.