Se você estiver usando o apache:
<Directory ~ "\.svn">
Order allow,deny
Deny from all
</Directory>
Isso impedirá que as pessoas acessem .svn
diretórios remotamente (usando o navegador), mas você poderá manter os recursos (e svn) no projeto.
BTW, você pode substituir \.svn
por \.git
ou \.cvs
se estiver usando algo diferente da subversão.