Você está aprendendo porque não deve usar o mesmo nome de domínio para o seu Active Directory como está usando para sua presença externa na Internet.
Os registros "A" do domínio referente aos controladores de domínio são usados para o DFS resolver o nome do domínio para um controlador de domínio (principalmente para computadores clientes que acessam o SYSVOL). Se você excluir esses registros "A", verá uma quebra de política de grupo, entre outras coisas.
Se você não puder renomear o domínio do AD, acho que está bloqueando o IIS (ou algum outro servidor HTTP) nessas caixas para redirecionar os computadores clientes para o host correto.
É por isso que nomeio meus domínios do AD "ad.domain.com". Você deve ter um motivo realmente bom antes de criar uma zona DNS em um servidor DNS privado que corresponda a uma zona que a Internet já possui servidores DNS autoritativos. Você fez isso e adicionou o Active Directory à mistura.