htpasswd gera hashes MD5 no formato Apache, que podem ser verificados quando começam com $apr1$ , mas o PAM oferece suporte apenas a formatos implementados pela plataforma crypt(3) . Para Glibc, o equivalente (baseado em MD5) seria $1$ . Você só precisa gerar as senhas com uma ferramenta diferente. Aqui está um exemplo:
sh$ openssl passwd -1
Password:
Verifying - Password:
$1$vhzHvIYn$2Ro.R0WdLnxrWjHcs5RbA/
Você pode copiar esse hash no seu arquivo ftpd.passwd no formato username:hash e ele deve funcionar.