O SELinux não é namespaced, portanto, contêineres individuais não podem ter suas próprias políticas separadas do SELinux. O SELinux sempre parecerá estar "desativado" em um contêiner, embora esteja sendo executado no host.
Se o seu aplicativo requer o SELinux, você não pode usá-lo dentro do Docker. Você precisará usar uma máquina virtual comum.