Supondo que você queira instalar o ubuntu usando wubi e colocar a pasta ubuntu em outra unidade
Se você simplesmente remover a partição do Windows instalada, o ubuntu irá morrer porque está instalado como um programa do Windows,
você ainda tem que possibilidades
1. Migre o wubi para a instalação real antes de remover o Windows
2. Faça o backup da pasta ubuntu e instale o wubi nas janelas recém-instaladas, substitua a pasta ubuntu pela pasta ubuntu de backup
Mas ambos os métodos acima não são à prova de erros, então você deveria considerar seriamente a instalação do ubuntu em uma partição separada ao invés de usar o wubi