Você realmente quer ser capaz de identificar facilmente quais arquivos pertencem a qual máquina virtual. Mesmo se você perder o acesso ao console do Hyper-V.
Isso ocorre quando se tenta restaurar uma VM a partir de backups. Ou quando o Hyper-V esquece todas as suas VMs e você precisa importá-las. Ou os arquivos de configuração da VM estão corrompidos e você precisa recriar a VM e apontar para os arquivos antigos do disco rígido (que agora você não consegue identificar, pois o seu arquivo de configuração está corrompido). Ou você apenas deseja verificar rapidamente quanto espaço em disco cada VM ocupa. Ou você precisa restaurar a partir de backups, onde é possível ver os nomes dos arquivos, mas não é fácil ler os arquivos XML sem antes passar por todo o processo de restauração.
Dado que, eu iria para algo semelhante ao Template 1, onde há uma pasta para cada VM - mas deixe de fora as subpastas "Virtual Machines" e "Virtual Machine Hard Disks" - apenas coloque todos os arquivos relacionados a uma VM em uma pasta com o nome da VM.
Você também não precisa de máquinas Hyper-V \ Virtual - escolha um desses rótulos, você não precisa dos dois.
Então:
D:\Virtual Machines\MACHINE_A\GUID_1.xml D:\Virtual Machines\MACHINE_A\Machine_a_OS.vhdx D:\Virtual Machines\MACHINE_A\Machine_a_Data.vhdx D:\Virtual Machines\MACHINE_B\GUID_2.xml D:\Virtual Machines\MACHINE_B\Machine_b_OS.vhdx D:\Virtual Machines\MACHINE_B\Machine_b_Data.vhdx
etc.
Ou você pode decidir que não precisa dos nomes dos arquivos para corresponder à máquina virtual - o nome da pasta é suficiente. Nomear dessa maneira tornaria mais fácil clonar uma VM sem ter que se preocupar em renomear seus arquivos:
D:\VMs\Machine A\GUID_1.xml D:\VMs\Machine A\OS.vhdx D:\VMs\Machine A\Data.vhdx D:\VMs\Machine B\GUID_2.xml D:\VMs\Machine B\OS.vhdx D:\VMs\Machine B\SQLData.vhdx D:\VMs\Machine B\SQLLog.vhdx
O principal objetivo aqui é organizar os arquivos de modo que, olhando apenas para a estrutura de arquivos, você possa saber a qual VM cada arquivo pertence e para que serve esse arquivo.