Em /var/www . Mas esta não é uma convenção que você segue. Você pode colocá-los onde quiser, contanto que o Apache tenha acesso a ele.
Estou com um pouco de medo de perguntar isso porque recebi muitos votos negativos por simplesmente fazer uma pergunta na última vez, mas aqui está:
Onde na estrutura de diretórios do Linux (Ubuntu) é 'normal' colocar arquivos de sites públicos e privados.
Digamos que eu tenha um servidor e quero diretórios;
mysite1.co.uk/
mysite1.co.uk/www/
mysite2.co.uk
mysite2.co.uk/www/
onde eles normalmente seriam colocados?
Atualização: estou usando o Nginx (não o Apache).
eu uso
/var/vhosts/domain.name/html
/var/vhosts/domain.name/logs
mas /var/vhosts é um link simbólico para /srv/vhosts no meu caso. Eu comi meu bolo e comi.