Tivemos um cliente usando o método de varredura programada por anos sem problemas. Eu só vejo isso sendo potencialmente um problema em um servidor muito usado, com várias pessoas descartando intencionalmente arquivos com o mesmo nome.
Independentemente disso, aqui está um excelente procedimento passo-a-passo para configurar um site ftp blind-drop no Windows 2003 usando o IIS: link