Execute o SCONFIG. Apenas digite sconfig no prompt de comando. Em seguida, escolha a opção 6 ou 7 (a opção exata me escapa no momento) para atualizações do Windows. Você pode alterar as configurações do Windows Update para instalar atualizações automaticamente ou pode fazer o download e instalá-las manualmente, assim como na GUI.
O sconfig vem com o Server Core pronto para uso. Na verdade, acho que é executado na inicialização na primeira vez que você faz logon na máquina. Não sei como você perdeu isso ... talvez ele não seja executado na inicialização do Hyper-V Server 2012.