O S3FS pode não ser a melhor opção para uma grande quantidade de arquivos menores. A sobrecarga com o S3FS também é bastante alta. Sugiro usar algo como S3Curl
Você pode até obter transferências paralelas. Basta lembrar que nunca será rápido como o EBS / armazenamento local.
Se você precisar armazená-lo como 'montável', as únicas alternativas ao S3FS que eu conheço são S3Backer ou s3ql