De acordo com o Capítulo 3 da ESF (Filesystem Hierarchy Standard) 2.3, dados para serviços prestados por um servidor deve ir em /srv
, mas deixa a organização sob ele praticamente responsável por cada sistema específico.
Eu recomendaria /srv/www/<domain>
ou se o servidor estiver fornecendo vários serviços por domínio como /srv/<domain>/<service>
(serviço sendo www
, ftp
, svn
, etc).