De acordo com o Capítulo 3 da ESF (Filesystem Hierarchy Standard) 2.3, dados para serviços prestados por um servidor deve ir em /srv , mas deixa a organização sob ele praticamente responsável por cada sistema específico.
Eu recomendaria /srv/www/<domain> ou se o servidor estiver fornecendo vários serviços por domínio como /srv/<domain>/<service> (serviço sendo www , ftp , svn , etc).