Tente usar o comando php --ini
. Como você está executando a linha de comando, ela não mostrará necessariamente os arquivos de configuração que você pode estar procurando (apache, nginx, etc), mas esperamos que você esteja no caminho certo.
Quando eu corro, vejo:
$ php --ini
Configuration File (php.ini) Path: /etc/php/7.0/cli
O que me diz se estou procurando arquivos Apache, posso encontrar o resto de um diretório a partir dali:
$ ls /etc/php/7.0/
apache2 cli fpm mods-available
Se tudo mais falhar, e você conseguir navegar até um arquivo .php no servidor, crie um arquivo usando phpinfo assim e dê uma olhada para ver quais arquivos ini estão em uso:
<?php
phpinfo();