Can we directly connect the SAN to the server HBA and skip on the
switches?
Sim, não há problema aqui.
Will we still be able to use vMotion and High Availability using
direct connections from all servers?
Sim.
O que você estará perdendo, no entanto, é a capacidade de alavancar vários caminhos de fibra de seus HBAs para sua SAN, o que significa que se seus HBAs falharem ou se o cabo falhar (ou acidentalmente for danificado / desconectado), ou se o HBA na SAN falhar, não haverá redundância no local para protegê-lo do tempo de inatividade. Parece que você está bem ciente disso, no entanto.