Experimente algumas ferramentas de criação de perfil, seja o perfil do sistema como o perf ou o perfil do Java como VisualVM .
Com o perf você pode criar o perfil do processo Java em execução pelo PID ou criar um perfil de referência. Olhe para ambos os sistemas, veja onde o sistema lento está gastando seu tempo.
apt-get install linux-tools-common linux-tools
Então, algo como:
perf record -e cpu-cycles -p <pid>
ou
perf record -a -g <benchmark command>
então
perf report
Algumas ideias de como os sistemas podem ter um desempenho diferente:
Ambiente: A temperatura do ar ou o fluxo de ar são diferentes? Eles estão em prateleiras? Eu vi sistemas executar de forma diferente em diferentes posições de rack, causada por vibração. Existem diferentes níveis de vibração em cada rack. É improvável, considerando que você disse que quase não há E / S sendo usado. Mas eu tenho visto discos desacelerar para gravações sequenciais de 2MB / seg devido à vibração em partes de um rack.
Falhas de hardware: qualquer hardware pode estar com defeito. Use o perfil para ver o que é lento. Poderia ser um processador ou chipset ruim, um dissipador de calor não conectado corretamente, ventiladores fora de equilíbrio causando vibração, ventiladores com falha e até mesmo uma PSU ruim. Tente trocar coisas fáceis de trocar.