Os logs de consulta geral são um lote mais IO do que os logs binários. Além do fato de que a maioria dos servidores SQL tem 90% de leituras para 10% de gravações, os logs binários são armazenados em um formato binário em vez de um texto simples que usa menos espaço em disco. (Quanto menos espaço? Eu não tenho certeza. Desculpe.)
Existem dois aspectos sobre por que o Apache e o Exim podem registrar todas as solicitações sem impacto significativo no desempenho. A primeira é que eles registram o fato de que uma solicitação ocorreu, mas o que eles colocam no log geralmente é significativamente menor do que a solicitação real. Uma solicitação de HTTP é geralmente duas vezes maior que a linha que entra no log e até mesmo um e-mail de texto simples e curto é 10 ou 20 vezes maior que a linha de log que o acompanha. Um email com um anexo de 10MB ainda terá apenas algumas linhas escritas no log.
A segunda parte para isso é que em um aplicativo da web normal, geralmente há dezenas de consultas SQL associadas a uma única página HTTP. E-mails tendem a aparecer em números ainda menores que os pedidos HTTP. Seu servidor MySQL provavelmente está tentando registrar muito mais do que o Apache ou o Exim.
Observe o tamanho (descompactado) de seus logs binários e gerais do MySQL e seus logs do Apache e do Exim no final do dia. Eu aposto que você acha que o log geral do MySQL é o maior por um fator de pelo menos 5.