Este é um bug na conclusão do bash (um projeto de terceiros, não afiliado ao próprio bash). /etc/bash_completion é originado em ~/.bashrc por padrão no Ubuntu, e entre as milhares de linhas de código (a maioria das quais você provavelmente nunca precisará), é uma função de conclusão para o cd builtin que não manipula diretórios ligados corretamente . Se você desabilitar sua conclusão para o cd incorporado, sua conclusão de tabulação para cd deve funcionar mais como o esperado.
complete -r cd