Isso parece um problema com relação ao Unity. Ele pode ser muito poderoso para ser manipulado e faz com que seu laptop superaqueça.
Primeiro de tudo você pode monitorar a temperatura da sua GPU digitando nvidia-settings
no terminal. Alternativamente, você pode instalar indicator-sensors
digitando a seguinte lista de comandos:
sudo add-apt-repository ppa:alexmurray/indicator-sensors
sudo apt-get update
sudo apt-get install indicator-sensors
Você pode instalar o modo laptop em sua máquina ubuntu, o que pode resolver seu problema de superaquecimento digitando sudo apt-get install laptop-mode
no terminal.
Além disso, você pode dar uma olhada no problema do bug de energia referente ao kernel do Linux solução alternativa .
Por último, mas não menos importante, você pode desabilitar animações e efeitos de CompizConfig Settings Manager