tente instalar o avr-libc e o gcc-avr:
sudo apt-get install avr-libc gcc-avr
Então, para compilar o código para o AVR, você precisa começar compilando-o para um executável usando: gcc-avr e então vinculá-lo usando avr-objcopy para criar um arquivo hex para o dispositivo:
avr-gcc -mmcu=atmegaX yourpgm.c -o yourpgm.elf
avr-objcopy -j .text -O ihex yourpgm.elf yourpgm.hex
Em seguida, o arquivo hex gerado é aquele a ser instalado no dispositivo. Você pode usar o avrdude para importá-lo. Existem muito mais opções que você pode usar para o compilador e o linker, sugiro ler a man page para essas ferramentas; eles são muito úteis.