Para verificar sua teoria (que, a propósito, é som), execute o seguinte como root:
hwclock --show
Isso mostrará o relógio do seu hardware no servidor em que você está executando o comando.
Para sincronizar o relógio do hardware com o horário do sistema (gerenciado pelo ntp), execute o seguinte comando:
hwclock --systohc --utc
O último argumento (--utc) diz ao hwclock para armazenar a hora no relógio do hardware em tempo universal coordenado.
Além disso, tenha em mente que a página man do dmesg (1) diz o seguinte, então o comportamento que você está enfrentando está documentado e válido:
-T, --ctime
Print human-readable timestamps.
Be aware that the timestamp could be inaccurate! The time
source used for the logs is not updated after system
SUSPEND/RESUME.