A maioria das distribuições vem com uma ferramenta chamada userdel ou deluser . Estes não irão, por padrão, remover qualquer um dos arquivos do usuário. Portanto, por padrão, nada acontece com os arquivos pertencentes a essa conta excluída. Eles mantêm seus IDs de usuário e grupo como estão.
Em ls e outras listagens desse tipo, você verá as IDs numéricas em vez do nome de usuário normal (e o grupo, se você excluir também).
userdel (e deluser ) têm opções para remover um conjunto específico de arquivos (ou seja, o diretório base do usuário e o spool de correio), mas não farão uma operação de pesquisa e destruição em todo o sistema. Você precisará fazer isso sozinho se quiser (usando find , locate ou ferramentas similares, por exemplo).
Observe que, se você recriar um usuário com o mesmo UID, esse novo usuário acabará tendo os arquivos do usuário extinto, fazendo o backup (apenas no caso, talvez não com uma retenção longa) e limpando pelo menos a página inicial diretório (incluindo dotfiles) é algo que deve ser considerado (por questões de privacidade e segurança, por exemplo).
(Isto pressupõe sistemas de arquivos normais e contas locais, e nenhuma ferramenta de gerenciamento de usuários "aprimorada" ou software de imposição de política de algum tipo ou outro que poderia fazer qualquer coisa que queira em arquivos órfãos - você precisará checar os documentos para essas ferramentas saber exatamente até que ponto elas "destroem" a conta.