Embora não seja uma fonte oficial, Raymond Chen no The Old New Thing discutiu isso .
Especificamente, a postagem do blog acima vinculada diz:
Some of Microsoft's software certification programs (such as the Windows Logo) require that applications set their default installation location to the Program Files directory.
/.../
Program Files was introduced in an attempt to bring order to chaos. Think of it as painting lines in a parking garage.
Naturalmente, a conformidade com os termos desses programas de certificação de software só se aplicaria se você pretendesse solicitar (ou já ter aplicado e recebido certificação) aqueles programas de certificação de software em particular. E mais, neste caso, é sobre o caminho de instalação padrão, nada mais.