Eu tive um problema semelhante e alguém me direcionou para o comando xrandr .
Aparentemente, o Iniciador Unity aparece na tela definida como "principal", e isso pode ser alterado com xrandr .
Primeiro, execute xrandr para obter uma lista de saídas. Por exemplo, na minha configuração eu recebo um monte de coisas chamadas DFP1, DFP2, CRT1 etc. Depois de ter identificado qual delas é o seu monitor externo, execute
xrandr --output XYZN --primary
em que XYZN é o nome da saída (tenho que executar isso para um chamado DFP5 às vezes).
O lançador deve se mover imediatamente para a saída que você escolheu.