Você pode usar o ssh para transferir arquivos. Então você pode transferir um arquivo assim:
scp /home/user/examplefile [email protected]:/home/otheruser/
Isso transferirá examplefile
para /home/otheruser
Se você não gosta de usar comandos, você pode simplesmente usar o nautilus, que suporta o protocolo ssh. A localização remota aparece como um diretório normal e você pode copiar arquivos lá.
Para acessar o local remoto, abra o Nautilus e procure em Arquivo > Conecte-se ao servidor ... e escolha o local desejado.