No meu caso, o seguinte comando corrigiu o problema com a falta de respostas SYN / ACK do servidor Linux:
sysctl -w net.ipv4.tcp_tw_recycle=0
Eu acho que é mais correto do que desabilitar timestamps TCP, pois os timestamps TCP são úteis afinal (PAWS, dimensionamento de janelas, etc).
A documentação do tcp_tw_recycle
declara explicitamente que não é recomendável habilitá-lo, já que muitos roteadores NAT preservam os timestamps e, portanto, PAWS entra em ação, pois os timestamps do mesmo IP não são consistentes.
tcp_tw_recycle (Boolean; default: disabled; since Linux 2.4) Enable fast recycling of TIME_WAIT sockets. Enabling this option is not recommended for devices communicating with the general Internet or using NAT (Network Address Translation). Since some NAT gateways pass through IP timestamp values, one IP can appear to have non-increasing timestamps. See RFC 1323 (PAWS), RFC 6191.