Uma das principais razões pelas quais eu uso partições diferentes é a de separar os dados do sistema operacional. Se você precisar reinstalar o Windows (o que todos nós sabemos é bem provável) a qualquer momento, você pode fazer isso sem precisar mover seus dados para outro lugar.
Como as partições no mesmo disco estarão usando o mesmo fuso, há muito pouco a ganhar em termos de velocidade com o particionamento de um único disco.