O problema com o Pidgin era que "Ativar sons" em Ferramentas- > Preferências- > O som estava definido como "Somente quando disponível" e como o meu status era definido alguns dias atrás.
Quanto à outra notificação de desktop soa como o som de login - eu descobri que é um problema com o Ubuntu, onde eu tenho que copiar todos os arquivos de som de /usr/share/sounds/ubuntu/stereo
para /usr/share/sounds
. Depois disso, o som de login padrão do Ubuntu é reproduzido no login.