Versão resumida: Se você espera que o sistema esteja em uso por mais de 1 ano, use o Centos 6.
Versão longa: A questão para qualquer aplicativo praticamente se resume a quanto tempo você deseja executar o sistema sem grandes transtornos. Tenha em mente que esses tipos de preocupações tendem a ser muito mais longos do que o período temporário inicialmente esperado.
(Nota: Eu estou usando o Red Hat Enterprise Linux (RHEL) e o Centos alternadamente, pois eles são compatíveis com binários e o Centos é normalmente um substituto livre usado no lugar do RHEL)
O Projeto Fedora fornece ativamente atualizações para seus dois lançamentos mais recentes (até o momento desta publicação, o Fedora 14 e 15). Você tem o conjunto mais recente de pacotes, mas você está sozinho quando a versão N + 2 for lançada ( por Wiki do Fedora )
O Red Hat Enterprise Linux e o Centos têm suporte para o Ciclo de Vida de Suporte Regular de 7 anos e Ciclo de Vida Estendido de 10 anos ( por Wikipédia )
Antes do lançamento do Centos 6, havia uma troca bastante significativa a ser considerada entre ele e o Fedora. O RHEL5 foi construído no Fedora 6, que foi lançado em 2006. Muitos dos pacotes estavam começando a mostrar sua idade e as pessoas queriam usar um conjunto de pacotes mais recente para seus aplicativos (por exemplo, as versões mais recentes do MediaWiki usam uma versão mais recente do PHP). fornecido com o RHEL5). O lançamento do Centos 6 muda tudo isso, pois é baseado no muito mais recente Fedora 12, com muitas mudanças no Fedora 13 & 14 backported.
Como você está escolhendo agora, há muito poucas razões para não direcionar o Centos 6, a menos que você realmente precise de uma versão mais atual de um pacote (coisa longa e difícil sobre isso). Você receberá um conjunto de pacotes muito atual e 10 anos de atualizações.