A verificação md5 não é usada apenas para verificar erros, mas para verificar a autenticidade. Você pode ter um cd que não tenha erros, mas isso não é autêntico ... ou seja, uma cópia hackeada. Também pode ser um caso que seu download não foi concluído corretamente. É possível usar o md5sum para garantir que o que você está gravando seja válido e uma cópia completa. Se você tivesse um .iso que não era válido, você poderia acabar com um CD que não inicializaria (depende de onde o erro estava no arquivo baixado).
Para verificar o md5sum do arquivo .iso você faria:
md5sum nameoffile.iso
exemplo:
$ md5sum precise-server-amd64.iso
6cac02eb0b97633d3db3c86f1cf9a117 precise-server-amd64.iso
Você, então, pega o resultado - 6cac02eb0b97633d3db3c86f1cf9a117 e compara com o sd5sum listado na página de download.
exemplo:
link
59e51de80a7a047841fbe59521720e89 *precise-server-amd64+mac.iso
76e88c3e5dcfd5c887b1668cf2f26867 *precise-server-amd64.iso
eb8afa349ad92ad7c3c8088a94b5937b *precise-server-i386.iso
79d52f0ad383a53bffee7ccce909205c *precise-server-powerpc.iso
Você pode ver que o md5sum não é o mesmo que eu criei. Estes são de compilações diárias, então é de se esperar.