O rsync precisa ser informado de que você deseja definir as permissões e as informações do proprietário / grupo. Seria lógico supor que ter --chmod ou --chown diria isso, mas não.
Para que as permissões sejam propagadas, você precisa do sinal --perms ou -p e, para proprietário / grupo, você precisa de --owner --group ou -og sinalizadores para as informações do proprietário / grupo / permissão a serem definidas.
A documentação está escrita de forma pouco clara, por isso não está claro como as permissões são tratadas com combinações diferentes ou se os arquivos existentes são afetados.